לתנועה לאיכות השלטון נודע כי בכוונת צה"ל להעמיד לדין משמעתי את ד"ר שבתאי בגין שינוי התסמינים המדווחים על ידי החיילים בבסיס, על מנת שאלה יתאימו לקריטריונים בגינם מתאפשר ביצוע בדיקת קורונה. למרות שפעולות אלו אינן תאמו לפקודות צה"ל, הן הביאו לאבחון ומיגור הקורונה בבה"ד 1.
התנועה לאיכות השלטון פנתה לפרקליט הצבאי הראשי, אלוף שרון אפק, בדרישה לביטול ההליכים המשמעתיים כנגד ד"ר שבתאי. מהתנועה לאיכות השלטון נמסר: "מעשיו של שבתאי אפשרו אבחון וטיפול בחיילים אשר חלו בקורונה. יתרה מכך, יש חשש ממשי כי לולא פעל כפי שפעל, שרשרת ההדבקה בבה"ד 1 הייתה נמשכת ומסכנת חיילים רבים נוספים.
"מעשיו של ד"ר שבתאי נבעו בשל חששותיו, שהתגלו כמוצדקים, כי בבסיס מצויים חיילים רבים אשר נושאים את נגיף הקורונה. נוכח הקריטריונים לביצוע בדיקת הקורונה, לא ניתן היה לשלחם לביצוע הבדיקה. כך, היה חשש ממשי כי עשרות חיילים אשר מראים רק חלק מהתסמינים אשר נקבעו בקריטריונים מסתובבים חופשי ומגבירים את התפשטות הנגיף ברחבי הבסיס. כתוצאה ממעשיו, אובחנו כארבעים חיילים החולים בקורונה בבה"ד 1. לולא פעל בצורה זו, שרשרת ההדבקה בבסיס לא הייתה נקטעת ושיעור החולים בבסיס היה גבוה בהרבה".
התנועה גורסת כי ד"ר שבתאי הוא למעשה חושף שחיתות במובן של חשיפת אי תקינות מנהלית. "גם אם פעולותיו במסגרת דיווח התסמינים אינם עולים בקנה אחד עם ערכי צה"ל, נראה כי האינטרס של שמירה על שלום ובריאות הציבור עולה בחשיבתו על כך. לפיכך, התנועה לאיכות השלטון סבורה כי אין להעמיד את ד"ר שבתאי לדין משמעתי משום שפעל לטובת החיילים והציבור".