בעקבות פניות שהתקבלו אליה, התנועה לאיכות השלטון פנתה לרה"מ בנימין נתניהו, המחזיק בתפקיד השר להשכלה גבוהה ומשלימה ולמנכ"ל המשרד, מרדכי בניטה, והתריעה על חשש להיעדר מינהל תקין ביד ושם, אשר מהווה חלק חשוב מהשירות הציבורי.
לפי חוק זכרון השואה והגבורה, ליד ושם יש תקנון המסדיר את המוסדות המנהליים והמועצה ואף את תקופת כהונתם של בעלי התפקידים. לפי הדיווחים בפניות, נראה כי בניגוד לתקנון, בעלי תפקידים רבים ממשיכים לכהן בתפקידם למרות פקיעת תקופת כהונתם מזה זמן רב. כך, הרב ישראל לאו מכהן בתפקיד יו"ר מועצת יד ושם למרות שתקופת כהונתו אמורה הייתה להסתיים ב-2012. למעשה לפי דיווחים בתקשורת, כהונתם של 76 מתוך 78 חברי המועצה פקעה, אך הם ממשיכים לתפקד כחברי מועצה מבלי שמונו מחדש. בנוסף, טרם מונה סגן יו"ר להנהלת יד ושם, למרות החובה לעשות כך והתפקיד לא אויש כנדרש משנת 1999. כמו כן, יש חשש שמינויי המנהל הכללי, שהוא תפקיד בכיר ביותר ביד ושם, בוצע בניגוד לתקנון ובחוסר סמכות; למרות שאין הסכמה בחוק או בתקנון למנות תפקיד כה בכיר, כיהנו ביד ושם שלושה מנהלים כלליים משנת 1993.
מטעמים עלו, עולה חשש מהותי להעדר מינהל תקין ברשות הציבורית של יד ושם. התנועה לאיכות השלטון סבורה כי ראוי להסדיר ליקויים ביד ושם, בין היתר בגלל חשיבותה הערכית והלאומית עבור מדינת ישראל ואזרחיה.