ברבות השנים הפכה התנועה לאיכות השלטון לאחד העותרים הציבוריים הוותיקים והחשובים בישראל, כאשר מרבית העשייה המשפטית מתרחשת באגף המשפט של התנועה, על מגוון המחלקות הקיימות בו. הפעילות המשפטית באגף, בבתי המשפט, אל מול המחוקק ורגולטורים שונים, וכן בהגשת העתירות הרבות הביאו פעמים רבות לשינוי של ממש במרחב הציבורי. אגף המשפט מורכב מחמש מחלקות – מחלקת הגנה על חושפי שחיתות, מדיניות וחקיקה, ליטיגציה מנהלית המחלקה המוניציפלית ומחלקת פניות הציבור.
בחזית המאבק נגד השחיתות ניצבים חושפי השחיתויות הלוא הם עובדי הציבור שלא מוכנים לעצום את עיניהם אל מול פגיעה בטוהר המידות ובמנהל התקין. פעמים רבות הם נאלצים לשלם מחיר אישי כבד. המטרה שלנו היא לעזור לחושפי השחיתויות, ולקדם מציאות בה אנשים לא יחששו לחשוף שחיתות במגזר הציבורי. אנו עושים זאת על ידי מתן ייצוג משפטי בבית המשפט ומחוצה לו, קידום מדיניות וחוקים בכנסת, מתן סיוע ותמיכה רגשית ופעילות חינוך והסברה תקשורתית.
מחלקת מדיניות וחקיקה פועלת נגד החקיקה האנטי-דמוקרטית בכל החזיתות – בכנסת, במסדרונות הממשל ובעתירות לבית המשפט העליון. מטרתה של המחלקה לקדם בכנסת, בממשלה, בקרב מקבלי ההחלטות ובמגזר הציבורי כולו – את סדר היום הדמוקרטי – של טוהר מידות, שקיפות ומאבק בשחיתות השלטונית. המחלקה מקדמת הצעות חוק בנושאים אלה מול חברי הכנסת השונים; משתתפת בדיונים בוועדות הכנסת בשם האינטרס הציבורי; ועותרת כשצריך לבית המשפט העליון.
הרשויות המקומיות הן ספק השירותים העיקרי לכלל התושבים וליקויים בהתנהלותן מובילים ישירות לפגיעה קשה בתושבים, ובשירותים השונים שהם מקבלים, כגון שירותי הרווחה, התשתיות, התברואה, החינוך ועוד. פרשות השחיתות ברשויות המקומיות אולי לא תמיד מגיעות לכותרות – אך לצערנו, הרבה מהמנהל הלא תקין והשחיתות במדינה, מתרחש דווקא ברשויות המקומיות
מחלקת ליטיגציה מנהלית עוסקת במספר רב של תחומים בעולם המשפט המנהלי / הציבורי / והחוקתי. שיתוף הפעולה בין מחלקה זו ובין המחלקות האחרות באגף המשפטי של התנועה לאיכות השלטון, מהווה יתרון משמעותי בעבודת התנועה בעבודה למול רשויות הממשלה השונות, גופים מנהליים, ובפני בית המשפט העליון בדיונים בעתירות שמוגשות על ידנו.
אף ארגון חברה אזרחית לא שלם בלי האזרחים התומכים בו ומסייעים לו לבצע את עבודתו. בכל שנה מקבלת התנועה קרוב ל-1000 פניות מהציבור הרחב, בהן פניות הנוגעות לפגיעה במנהל התקין ברשויות השלטון השונות – המקומי והמרכזי – לצד חושפי שחיתות הנתקלים במעשים לא תקינים במקום עבודתם. רבות מפניות אלו מבשילות להליכים משפטיים המנוהלים ביתר מחלקות האגף.