בעתירה טוענת התנועה כי בהליכי הביקורת של המבקר נפלו פגמים מהותיים, היורדים לשורשי הליכי איסוף הראיות והחומרים, אשר במסגרתו לא נעשתה כל פנייה למבוקרים מרכזיים בעלי השפעה על האירועים המבוקרים לצורך תשאול וקבלת כל הסבר נוסף לטובת גיבוש ממצאי הביקורת וקביעות מסקנות אשר נגזרו מכך, באופן שלם, מדויק, הוגן ואמין.

עוד טוענת התנועה כי המבקר לא נתן זכות טיעון אפקטיבית למבוקרים מרכזיים לגביהם ישנן הערות אישיות והטלת אחריות במסגרת טיוטות דוחות הביקורת, וכן חרג מהמתווה עליו סוכם בעקבות עתירת התנועה בכל הנוגע לקיום פגישות עם מבוקרים במסגרת הליך איסוף המידע והחומרים.
לעמדת התנועה, פעולות המבקר כעת עלולות לגרום לשיבוש הראיות והפגיעה העתידית ביכולתה של וועדת חקירה ממלכתית להגיע לחקר האמת ולפרסם ממצאים המבוססים על חקירה ממצה ואפקטיבית, ועל כן יש לעצור את פעולותיו לאלתר.

התנועה לאיכות השלטון צירפה לעתירתה תצהיר חתום של האלוף בדימוס מנדי אור- בכיר במשרד המבקר ובצה"ל לשעבר, אשר תומך בטענות שבעתירה ואף מדגיש כי בהתאם לניסיונו הרב במשרד מבקר המדינה, זכות הטיעון אשר ניטלה מבכירי צה"ל היא חלק אינהרנטי מעבודת המבקר ומההגעה לחקר האמת.