ברבות השנים הפכה התנועה לאיכות השלטון לאחד העותרים הציבוריים הוותיקים והחשובים בישראל, כאשר מרבית העשייה המשפטית מתרחשת באגף המשפטי של התנועה, על מגוון המחלקות הקיימות בו. הפעילות המשפטית באגף, בבתי המשפט, אל מול המחוקק ורגולטורים שונים, וכן בהגשת העתירות הרבות הביאו פעמים רבות לשינוי של ממש במרחב הציבורי. האגף המשפטי מורכב מחמש מחלקות – מחלקת הגנה על חושפי שחיתות, מדיניות וחקיקה, ליטיגציה מנהלית המחלקה המוניציפלית ומחלקת פניות הציבור.